Para cumplir con las funciones antes enunciadas, la estructura organizativa de la Contraloría Municipal está conformada por las Direcciones y Oficinas que se mencionan a continuación:
• Despacho del Contralor Municipal
• Dirección General
• Unidad de Auditoría Interna
• Oficina de Atención al Ciudadano
• Dirección de Administración y Finanzas
• Dirección de Consultoría Jurídica
• Oficina de Planificación y Presupuesto
• Dirección de Recursos Humanos
• Dirección de Sistemas y Tecnología
• Dirección de Control de la Administración Centralizada
• Dirección de Control de la Administración Descentralizada
• Oficina de Determinación de Responsabilidades

Además de la estructura organizacional citada anteriormente, existe un Comité de Gestión Institucional, que funciona como una unidad de carácter estratégico y asesor al Despacho del Contralor Municipal, integrado por el cuerpo directivo de la Contraloría Municipal y otras personas que el Contralor Municipal decida su participación en el mismo.